Sejak 1997, Pdt. Jacklevyn melayani sebagai pendeta Gereja Protestan Maluku serta aktif dalam Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia (PGI). Pada periode 2007–2011, ia bertugas sebagai pendeta Gereja Kristen Indonesia di New York City, Amerika Serikat, sembari menyelesaikan studi pascasarjananya. Sekembalinya ke Indonesia, ia menjabat Direktur Badan Penelitian dan Pengembangan Gereja Protestan Maluku (2011–2017) serta mengampu mata kuliah Pendidikan Multikultural di Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ambon pada 2013.
Pada 2017, ia dipercaya sebagai Asisten Utusan Khusus Presiden untuk Dialog dan Kerja Sama Antaragama dan Antarperadaban dengan fokus pada penguatan perdamaian dan hubungan lintas agama. Kiprahnya di lingkungan gereja nasional berlanjut ketika terpilih sebagai Sekretaris Umum Persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia (PGI) periode 2019–2024. Dalam Sidang Raya XVIII PGI di Toraja, ia kembali memperoleh amanah sebagai Ketua Umum PGI untuk masa bakti 2024–2029.
Atas dedikasinya dalam memajukan perdamaian dan kerukunan antarumat beragama, Pdt. Jacklevyn menerima Ma'arif Award (2007), Peacemakers in Action Award dari Tanenbaum Center for Interreligious Understanding, New York (2012), serta mewakili Indonesia menerima World Harmony Week Prize dari Raja Abdullah II Yordania di Amman pada 2018.
