Lahir di Masyhad pada 8 September 1969, Mojtaba dibesarkan di tengah gejolak politik jelang Revolusi Islam 1979. Pada usia 17 tahun, ia sempat bertugas di Batalyon Habib selama perang Iran-Irak, yang menjadi fondasi hubungan eratnya dengan Korps Garda Revolusi Islam (IRGC).
Ia kemudian menuntut ilmu teologi di kota suci Qom, dan meskipun saat ini baru mencapai level menengah (Hujjat al-Islam), media-media yang dekat dengan kekuasaan mulai menyapanya dengan gelar tinggi "Ayatollah".
Nama Mojtaba pertama kali mencuat ke publik pasca-pemilu presiden 2009 yang memicu gerakan protes besar "Gerakan Hijau".
Ia dituduh oleh para tokoh oposisi, seperti Mehdi Karroubi, telah mengintervensi jalannya pemilu dan memenjarakan para tokoh reformis atas kehendaknya.
Mendiang Ayatollah Ali Khamenei dikabarkan pernah menegaskan peran putranya tersebut dengan mengatakan bahwa Mojtaba "bukanlah anak tuan, melainkan tuan itu sendiri".
Pengaruhnya yang besar juga membuatnya masuk dalam daftar sanksi Amerika Serikat pada tahun 2019.
Departemen Keuangan AS saat itu menyatakan bahwa Mojtaba bertanggung jawab untuk meneruskan otoritas ayahnya dan memajukan kebijakan represif domestik serta ambisi regional yang destabilisasi.
Ia juga diduga mengelola kekayaan hingga lebih dari 100 juta dolar AS dari penjualan minyak yang diinvestasikan di properi Eropa dan Dubai.
Pengangkatan putra Khamenei ini memicu reaksi keras dari dalam maupun luar negeri.
