Ketertinggalan Papua dalam bidang pendidikan dapat dilihat dari data yang dirilis oleh UNICEF yang menjelaskan bahwa sebanyak 30 % anak-anak di Papua tidak menyelesaikan pendidikan jenjang SD dan SMP. Kondisi semakin memprihatinkan di daerah pedalaman Papua yakni sebanyak 50 % siswa SD dan 73 % siswa SMP memilih putus sekolah. Angka buta huruf di Papua juga masih menjadi tugas berat bagi pemerintah sebab provinsi ini menempati peringkat tertinggi di provinsi di Indonesia (28,61 %).
Kondisi pendidikan yang kurang baik juga ditunjukan oleh data BPS (2023) tentang Angka Partisipasi Sekolah (APS) menurut Provinsi dan rentang usia (7-12 tahun, 13-15 tahun, 16-18 tahun, 19-24 tahun) untuk tahun 2021 s/d 2023, Provinsi Papua cenderung lebih rendah dibanding dengan rata-rata nasional setiap rentang usia.
Melihat kondisi pendidikan yang masih jauh tertinggal, maka harus diberikan perhatian khusus. Sebab berdasarkan UU Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional tegas menyebut setiap warga negara mempunyai hak yang sama untuk memperoleh pendidikan yang bermutu. Pada bagian Kesatu tentang Hak dan Kewajiban Warga Negara Pasal 5 Ayat (3) dengan jelas disebutkan, warga negara di daerah terpencil atau terbelakang serta masyarakat adat yang terpencil berhak memperoleh pendidikan layanan khusus.
