Prinsip Merdeka Belajar adalah menciptakan suasana belajar yang membahagiakan anak didik tanpa terbebani pencapaian nilai atau skor tertentu. Selain itu, sistem pendidikan ini juga mengakomodir karakter sebagai standar penilaian. Dengan model seperti ini Merdeka Belajar didesain sebagai sistem pendidikan yang memberikan ruang kebebasan kepada siswa-siswi untuk berpikir, berkreativitas dan berekspresi, bukannya untuk membuat siswa-siswi tidak perlu belajar lagi.
Meski menggunakan kata "merdeka", sistem Merdeka Belajar bukan berarti membenarkan siswa untuk belajar semau-maunya, di mana anak didik bebas merdeka apakah mereka mau belajar ataukah tidak.
Merdeka Belajar juga tidak membebaskan anak didik dari ujian. Di dalam Merdeka Belajar juga diterapkan ujian. Ujian Nasional (UN) yang dulu pernah diperdebatkan keras oleh masyarakat sampai sekarang tidak dihapus. Hanya saja nama dan pola pelaksanaannya diubah menjadi Asesmen Nasional Berbasis Komputer (ANBK) dan tidak lagi menjadi satu-satunya penentu siswa lulus atau tidak.
Dalam pelaksanaannya, sistem ini tidak dilakukan pada akhir jenjang pendidikan melainkan di kelas 5 (SD), 8 (SMP) dan 11 (SMA). Selain itu, pelaksanaan ujian ini diserahkan pada sekolah masing-masing supaya sekolah bisa memiliki keleluasaan dalam menentukan penilaian seperti portofolio, karya tulis atau bentuk penugasan lainnya.
