Selain fokus pada kesejahteraan, Menag juga mendorong pesantren untuk terus berinovasi dalam sistem pendidikan. Pondok Pesantren Al Ikhlas yang didirikannya menjadi contoh konkret dengan mengadopsi sistem dan metode internasional, termasuk pemanfaatan teknologi informasi (IT), dalam proses pembelajaran. Langkah ini dipandang penting untuk membekali santri dengan keterampilan yang relevan dengan perkembangan global, sehingga mereka mampu bersaing dan berkontribusi di kancah internasional.
Lebih lanjut, Menag secara khusus menyoroti peran strategis pesantren dalam menjaga nilai-nilai keindonesiaan dan mengawal moderasi beragama. Beliau memiliki tekad kuat pesantren-pesantren sebagai benteng yang kokoh dalam mempertahankan tradisi luhur bangsa dan menanamkan pemahaman agama yang inklusif dan toleran.
"Pesantren harus menjadi garda terdepan dalam menjaga nilai-nilai moderasi beragama di Indonesia. Kita tidak ingin ada pemahaman agama yang sempit dan eksklusif. Santri harus menjadi agen perdamaian dan persatuan," tegas Menag.
Pesan-pesan yang disampaikan Menag Nasaruddin Umar ini menegaskan arah kebijakan Kementerian Agama dalam memberdayakan pesantren sebagai lembaga pendidikan yang komprehensif.
